O Instituto tem como missão desenvolver atividades de ensino, pesquisa e extensão, articuladas à assistência especializada a crianças e adolescentes do Rio de Janeiro, com excelência técnica, ética e humanizada, em consonância com os preceitos do SUS.  Além de um hospital pediátrico, o IPPMG é unidade de ensino, pesquisa e extensão na área materno-infantil. Desde 2017, conta com Mestrado Acadêmico em funcionamento.